De Federatie van Technische Universiteiten werkt op het gebied van het onderwijs samen in de bestuurscommissie 3TU.Onderwijs. Het ministerie van OCW heeft voor deze samenwerking een subsidie van 6 miljoen euro in de vorm van de "Impulsgelden" toegekend.

Belangrijk onderdeel van de samenwerking is de ontwikkeling van vijf gezamenlijke masteropleidingen:
1. Embedded Systems
2. Sustainable Energy Technology
3. Construction Management & Engineering
4. Systems & Control
5. Science Education & Communication.

De masteropleiding Construction Management & Engineering is op 1 september 2007 van start gegaan. De 3TU-master Systems & Control is tevens op 1 september 2007 in Eindhoven en Twente gestart, deze master bestond al in Delft. Al eerder zijn de 3TU-masteropleidingen Embedded Systems en Sustainable Energy Technology gestart. In september 2008 is een start gemaakt met de 3TU-Masteropleiding Science Education & Communication

Staatssecretaris Halbe Zijlstra heeft 1 september 2011 het startsein gegeven voor de uitvoering van het Sectorplan Technologie van 3TU. Hij stelt een extra investering van drie keer 11 miljoen euro ter beschikking. In 2011, 2012 en 2013 worden de middelen op verzoek van de staatssecretaris exclusief ingezet voor het onderwijs De drie TU's besteden de toegekende middelen aan de volgende zeven onderwijsprogramma’s:

- Herziening programma’s
- Monitoring en begeleiding
- Excellente docenten
- Internationalisering onderwijs
- Digitalisering onderwijs
- Stan Ackermans Institute
- Wiskunde onderwijs