De Federatie van Technische Universiteiten werkt op het gebied van het onderwijs samen in de bestuurscommissie 3TU.Onderwijs. Het ministerie van OCW heeft voor deze samenwerking een subsidie van 6 miljoen euro in de vorm van de "Impulsgelden" toegekend.

Belangrijk onderdeel van de samenwerking is de ontwikkeling van vijf gezamenlijke masteropleidingen:
1. Embedded Systems
2. Sustainable Energy Technology
3. Construction Management & Engineering
4. Systems & Control
5. Science Education & Communication.

De masteropleiding Construction Management & Engineering is op 1 september 2007 van start gegaan. De 3TU-master Systems & Control is tevens op 1 september 2007 in Eindhoven en Twente gestart maar deze master bestond reeds in Delft. Al eerder zijn de 3TU-masteropleidingen Embedded Systems en Sustainable Energy Technology gestart. In september 2008 is een start gemaakt met de 3TU-Masteropleiding Science Education & Communication